1.3. 平台提供的运行时内核说明¶
打开JupyterLab界面后可以看到平台提供的运行时内核 图 1.13 。
图 1.13 平台提供的运行内核¶
目前平台提供如下三种内核供运行使用。后期会根据需求增加公用内核，及内核中的默认类库。
Python 3.11 [系统]
Python 3.12 [Conda]
R 4.4 [Conda]
备注
目前对Python生物信息相关技术了解较少，需要安装相关类库欢迎联系信息中心。
如果对运行内核有特殊需求，可联系信息中心针对用户进行定制。
1.3.1. 内核说明：Python 3.11 [系统]¶
使用的Python为服务器操作系统自带的 Python 3.11 。 相关模块由 Debian 开发团队打包，运行稳定，但版本相对较旧； 一般而言软件包进入 Debian 仓储库意味着相对成熟并会有较好的开发支持。 如果对运行的版本没有特殊需求，推荐使用此内核。 安装的模块包括：
通用科学计算模块：
python3-pandas
python3-numpy
python3-scipy
地理信息常用模块：
python3-gdal
python3-pyproj
python3-shapely
python3-fiona
python3-mapnik
python3-geopandas
python3-mapscript
python3-cairosvg
python3-cartopy
python3-folium
python3-fiona
python3-rasterio
生物信息模块：
python3-skbio
python3-biotools
python3-biopython
1.3.2. 内核说明：Python 3.12 [Conda]¶
基于Conda环境安装的地理信息内核， Python版本为 3.12。
安装的地理信息模块包括：
gdal
geopandas
shapely
folium
安装的生物信息模块包括：
neurokit2
1.3.3. 内核说明：R 4.4 [Conda]¶
基于Conda环境安装的R语言内核， 版本为 R 4.4.1 。 安装的模块包括：
r-devtools
r-ggplot2
r-reshape2
r-corrplot